蛋白质内涵很广，具体有四级结构：一级是小分子氨基酸，二级是肽链，三级是多重肽链在空间形成的三维结构，四级是这些三维结构共同作用产生有特定功能的蛋白质大分子。其中一级结构主要是alfa-氨基酸，能用化学式表示成CxHyOzNiSj...(x,y,z,i,j表示原子个数)，一般用三个英文字母标出构成生物体20种氨基酸的名字，如Lys,Gly等；二级结构是这些alfa-氨基酸之间由二硫键、氢键等作用力形成螺旋或片层的结构；至于三级和四级结构里的相互作用位点和力学就更复杂了，还可能会有其他原子(Co,Cu等)参与。因此不同的蛋白质有不同的化学结构，命名也不同。
