一个微信号申请多个商户号，用不同的对公账户或者相同的对公账户，只有一个办法，找微信官方授权的受理机构，通过受理后台提交开通申请，而且不止可以开通2个，可以是多个。
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2018年1月8日更新：
这个问题有几个问题还不确定，但我判断需求是为了解决“支付关注公众号，但资金流水分公司单独结算的问题”，我就分别说明一下：
1、一个公众号主体开通多个微信支付商户号，如果申请公众号主体与微信支付商户号主体一致，用不同银行且同一公司主体的情况下。即你公众号的公司主体是A，你申请的两个商户号，用的公司主体也要是A，分别提供的银行对公账号也是A公司的，但其实最终收款的公司主体是B和C。
答：找服务商去申请就好了，但是问题是对公账户都是A公司，分公司B、C账户无法收款，满足不了B公司和C公司收款的需求。所以这条路走不通，除非你把A公司的收款账户给到B和C公司，这是比较有问题的处理方法，不过确实是可以操作的。
2、一个公众号主体开通多个微信支付商户，公众号主体与微信支付商户号主体不一致的情况。即：公众号公司主体为A，但微信商户号（即收款账号）分别是公司主体B和主体C，顾客支付关注A，实际付款到B。
答：只能通过服务商这个渠道帮你申请，通常有这样需求的公司，都是连锁客户。给我们自己做个广告，客来乐，专做线下支付场景，自主知识产权机具厂商。可以看我们公司关于解决支付关注独立结算的知识库内容。“支付关注公众号，但资金流水分公司单独结算的问题”在微信官方的说法叫“联合运营”。联合运营的流程主要需要证明，服务号主体公司与连锁门店之间的关系，证明这个关系的流程就是下面内容里面所涉及的。
链接里面说的比较清楚了，需求、资料要求、申请流程等
