孤独是有，但不要放大这种孤独，我不赞成你所说的“乏其人性的闪光”，比如杜小康，作为小少爷时懂分享、不记仇、有担当，而经历家庭剧变后他坚韧、坚强，这些不是人性的闪光吗？桑桑得病后他的父亲带他到处求医，油麻地一带的人都在心疼他、希望他早点好起来，这种人与人之间的关切不是人性之光？
对于开头你问的秃鹤为什么被瞧不起，没错，就因为他是秃子跟正常人不一样，千万别低估小孩子嘻嘻哈哈的恶意，严重的会导致校园暴力，轻点的就是这种“你和我们不一样”的嘲笑和孤立。不过书里秃鹤被孤立的根本原因是他在会操时故意搞破坏导致集体荣誉被损害，而他之所以成为最英俊的人是因为他放下心结，主动融入了集体。
关于纸月妈妈的事，她的结局才是那个年代普遍的、“理所应当”的，至于《边城》里的翠翠妈妈，她是超越时代与普遍现实的。
对于秦大奶奶，大家讨厌她是因为她总表现出固执、自私的一面，她能救人让大家感受到她的心是软乎的善良的，各人心底里的善意也被激发了出来，所以放下过去的纠葛与成见对她友好起来。
至于其他的不想赘述，题主你的经历似乎比较少，或者在生活中少于观察与思考，因而难以理解人性的曲折复杂，这也是你只看到孤独却看不到人性闪光的原因所在，若哪天孤独与温暖你都从中感受到，你就明白《草房子》好在哪里了。
