1.作为一个毫无历史包袱的拼音方案竟然有着繁杂的正字法规则。为了迁就拉丁字母元音少的特点，e和ê合用字母，i和舌尖元音合用字母，ü实在是没法合用又规定jqx后改写成u，零声母时改写成yu。而且这些基于普通话音系的字母复用规则事实上断绝了兼容其他方言的可能，如方言常见的z+i、c+i、s+i无法拼写。为了将来当正式文字用，以词为单位空格不产生歧义，又制定了一套y和w作为隔音符的复杂规则。
2.使用拉丁字母必然会带来对基本字母和附加符号的差别对待。威妥玛拼音的送气符就常被省略，汉语拼音的ü和调号也面临这样的尴尬，在电脑时代尤甚，教科书以外的场合使用的实际更多是丢失了附加符号的残缺版汉语拼音。ü在实际使用中拼写混乱（u/yu/v）是个老问题了。调号在使用中也被当成了可有可无的东西（非常无语的是因为推行汉字拼音化那个时代的遗产，汉语拼音被当成了实质上的第二官方文字，路牌、纸币等处都要加注拼音，存在感比台湾的注音符号高很多，但是这些拼音不标调，根本无法准确拼读，成为了纯粹的装饰品），有时在网络上讨论读音问题因为调号输入不便甚至倒退回了直音法时代。而台湾注音符号就没有这问题，因为整套符号都是另起炉灶，所以调号并不比声母韵母特殊，实际使用时都会把调号写出来。
