谢邀。非相关专家，试答。可能找台湾人来体验更多吧。
前期反共为主。特别是49年到朝鲜战争结束前，大规模的清洗地方共产党和我党谍报人员。当时国民党从大陆过去后，人心惶惶，都认为共产党随时会打过去，而且国民党肯定守不住。当地的中共台湾党委的许多机构和个人也等于半公开活动。另外，解放战争时期，也有大量共产党部队换了国民党服装混入国军队伍，等待共军收台时相应。到了朝鲜战争爆发，美国出面支持蒋介石，并派遣第七舰队进入台湾海峡，使得中共无法武力收台。由此，国民党得到喘息机会，就开始大规模清党和清共。比较著名的两个案子：一是吴石案，表现出国民党对于我党情报人员的镇压；另一个是蔡孝乾案。蔡是当时中共台湾省委工委书记，被捕后叛变，导致中共在台湾地下组织基本被镇压，也直接导致吴石被捕。
53年之后，就是内部控制为主，但是反共防特也比较重要。这并不是说53年没有，只是说随着时间推移，共产党的威胁下降，提升了地方控制的重要性。由于二二八的后遗症和日本殖民统治时期培植的势力，国民党不得不对社会采取强力控制的手段才能稳定局面。国民党从50年代开始就进行地方自治选举，那么也就需要通过某些手段保证国民党能够通过选举，选上自己想要的人。还有，国民党内外部也出现了不少反对蒋氏父子的力量，比如说党内的吴国桢、雷震，党外的美丽岛系，还有一些从党内转到党外的，比如说许信良，甚至江南（刘宜良）也能算进去吧。国民党也要控制和压缩这一部分力量。
另外一点，国民党的体系中，直到今天，情报和治安（警察）是在一起的（台湾称情治系统）。大陆的体系中，两块最初在一起的，但是随着时间发展，情报和治安分家，现在基本上应该是独立的体系了。情治结合，很多事情就说不清楚了，在手段上也会更偏重更加暴力的方式。
