简单介绍使用 DSDP 程序进行分子对接的方法，详细内容见
对于要预测的每组复合物，需要建立一个独立的目录，其中存放配体和受体（需按规定命名）。 例如（如下是通过tree DSDP_dataset/ | head 查看的示例目录结构）：
DSDP 的输入文件为 pdbqt 格式，可以通过 AutoDockTools 和 Openbabel 等生成。
在项目根目录运行如下命令：
参数解释：
本例使用 1a2b 蛋白。在工作目录（不一定是项目目录）准备受体和配体的 pdbqt 文件，命名为 protein.pdbqt 和 ligand.pdbqt。
运行
注：重对接的盒子信息（沿 x y z 轴的最小值和最大值）需要用户提供。 本例的盒子信息仅适用于本例的 1a2b 蛋白。
参数解释：
通过 --help 参数来查看参数的帮助信息。
以 PET 酶 IsPETase 为例，下载晶体结构，去水加氢、另存为 PET_protein.pdbqt，并与 PET_ligand.pdbqt 存放在 PET 目录下。通过上述命令进行盲对接，结果如图1所示。
可以看到，结合位点的搜索十分准确，且将底物定位到了SHD三联体，这与催化机理完全一致。但酯键的方向理应指向蛋白主链形成的氧负离子穴区域，这里所的结构朝向溶剂，可见盲对接的精度略有不足。
进一步在该位点的基础上进行重对接，如图2所示。（盒子中心为催化三联体，边长为 40 Å）
可以看到，重对接所得的构象中，羰基已经处于正确的朝向，指向Y58和M132的主链酰胺。以上测试证实了 DSDP 盲对接和重对接的可行性。
注意每次使用盲对接前都需要激活DSDP虚拟环境。
