北京市医疗保障局是根据《北京市机构改革实施方案》组建的市政府直属副局级机构，成立于2018年11月 。该局整合市人力资源和社会保障局的城镇职工和城镇居民基本医疗保险、生育保险、新型农村合作医疗职责，市发展和改革委员会的药品和医疗服务价格管理职责，市民政局的医疗救助等职能，负责制定医疗保障政策法规，管理医保基金支付预算，统筹城乡医疗保障待遇标准 。
该局2025年部门预算总收入11.5亿元，内设8个处室 。牵头制定《北京市支持创新医药高质量发展若干措施(2025年)》，建立创新药医保准入绿色通道和直接结算机制 。2025年调整城乡居民基本医疗保险筹资标准，劳动年龄内居民个人年缴费提高至750元 。开展医保基金监管专项行动，全年查处7家定点医疗机构违规使用医保基金行为 。
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