承 @橘玄雅 @长安古意 二位指教，我犯了制度和时代错位的毛病。
都察院的兼衔确实不一定是右副都御史。康熙朝的《会典》记载的制度是
所以说三种衔都可以加，《实录》中也都有例子。我当时写了右副都御史，因为我正在看赵良栋的传记……
@橘玄雅 大大指出的问题很对，我用未来的剑斩了本朝的官。原答案中总督正二品加尚书从一品的制度载于《乾隆会典》。康熙朝的制度，康熙九年之后六部满汉尚书都为正二品。如果总督是正二品，那么加尚书衔没法起到调节品级的作用。
不过原答案写调节品秩也不算全错，因为总督在康熙朝还没有定品级。在《会典》里写在都察院下的“督抚建置”条目下。总督“皆因事设裁”，还是临时派遣性质。《乾隆会典》才第一次将总督从都察院移到了外官之下，定下正二品。所以在康熙朝，总督的品级是依据兼衔而定的。不同的兼衔意味着不同的品级。举例子的话，《实录》中康熙三年七月有如下记录：
这是加级的情况，可以反推原始的品级。
总督由临时派遣到常设官职确实是历史的趋势。不过这个趋势的演化速度还是超出了我有限的认识。实际上总督这个官从执掌到辖区逐渐稳定下来还要到乾隆时期。在康熙朝，督抚制度还处于非常频繁的变化之中。清朝统一之后，督抚制度的演化基本呈现出总督侧重军事，巡抚侧重民事的趋势（当然这不是绝对的）。这一点也表现在督抚的兼衔上。康熙元年三月，兵部遵旨议复“总督加兵部衔，巡抚即停止提督军务，应加工部衔”可见一斑。之后三藩之乱的全国战争，总督掌管军事的属性显得非常重要。于成龙授为两江总督是在康熙二十一年，三藩之乱刚刚结束。至少我们很难说这个时候兵部尚书的兼衔明确总督执掌的作用比起调节品秩更加不重要。
因为最初是临时派遣，督抚制度一直处于非常频繁的变化之中。如果期间有什么值得注意的现象或是特例那是毫不稀奇的。康熙朝既然还是制度的过渡变化时期，要说清楚总督兼衔的意义，那是远远超出了我的能力范围了。
===================以下为原答案==================
这是一个总督由临时派遣到常设官职演变中的历史遗留问题。
在明朝和清初的时候，总督不常设，而是按需要由中央临时派遣，总管一省或数省的军事和官吏。由于要管理军事，所以要加上兵部尚书（有时候是兵部右侍郎）的加衔，表示其管理军事的权力。同样的，为了强调总督纠察吏治的权力，都察院右副都御史也是总督之上常见的加衔。
到了清朝，总督逐渐常设化，有了明确的执掌，也有了相应的官品。在于成龙的时代，虽然制度上总督还没有常设，但是许多地方的总督已经是非常稳定的流官了。因为上述历史原因，兵部尚书和都察院右副都御史仍然作为加衔保留下来，但是其明确总督执掌的作用已经虚化。在清朝，兵部尚书加衔主要用于调整总督的品秩。总督是正二品，加兵部尚书则为从一品。都察院右副都御史的情况是类似的。
回到题主的问题，于成龙的兵部尚书是一个用于调整总督品秩的加衔，他不管理兵部事务。在北京还有两个（六部尚书满汉各一员）真正管理兵部的兵部尚书。
