上海市儿科医学研究所（简称“儿研所”）成立于1978年，隶属于上海交通大学医学院，依托上海新华医院和上海市儿童医学中心为临床基地，是一所集基础与临床研究、教学及预防于一体的应用医学研究机构 。其核心研究方向包括小儿遗传代谢病、内分泌疾病、围产医学及新生儿筛查等，设有多个研究室及生化检测、分子诊断等技术平台 。
建所后，该所于1986年成为世界卫生组织儿童体格生长和社会心理发育合作中心，1988年牵头建立卫生部中国遗传医学中心新生儿筛查部 。承担国家自然科学基金、国家863/973项目等课题，累计获国家科技进步奖等国家级奖项20余项 。研究所注重国际交流与合作，1983年创办《临床儿科杂志》，2011年获批上海市小儿消化与营养重点实验室 。目前团队包含高级医务人员22名及博/硕士导师15名，累计培养硕博研究生200余名 。
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