DNA标记是以多态性DNA序列为基础的可识别分子标识，2007年由《遗传学名词》确立为遗传学基础概念，主要包括单核苷酸多态性（SNPs）、微卫星（STR）和简单重复序列（SSR）等类型，用于追踪基因变异及构建遗传图谱。
该标记通过检测基因组特定位置的序列差异，在亲子鉴定中应用常染色体STR分型技术，在法医检测中结合线粒体DNA及Y-STR分型技术确认亲缘关系。 农作物领域采用SSR和SNP标记构建DNA指纹数据库，例如昌平草莓通过SSR技术建立200份品种的基因身份证，玉米品种数据库集成10万份种质分子信息。
随着技术发展，SNP作为第三代标记形成玉米品种鉴定标准。
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