葛兆光的学术生涯，依其求学任教经历，可分为4期：
4个时期作者的治学重点不同，下面以不同时期学术重点为核心，来整合葛兆光在此重点下写各类著作，其中排除无主题关系较弱的涉及个人读书随笔的书。
1：1977－1984
此期学习研究的重点是文学及与之相关的目录学训练。这类著作有：
从这些著作最重要的是1至3,1是目录文献的训练，2是关于唐代诗人的整理，3是关于诗歌批评理论的思考。治学重点是唐代士人和唐诗语言。唐代士人的佛道思想以及唐诗里的佛道语言迫使他，进入第二期的研究。
2：1984-1992
此期葛兆光开始独立治学，作者并没有沿着诗歌本身走向文艺理论的探讨，而是转向诗歌的背景，即唐代的佛教与道教研究。这类著作有：
《禅宗与中国文化》是葛兆光的成名作，作者原拟名“禅宗与士大夫”，其关于禅宗的研究，也是以唐为基点，然后上溯下流，最终写成《中国禅宗思想史-从6世纪到9世纪》。道教也是如此，从《道教与中国文化》开始，最终汇成《屈服史及其他-六朝隋唐道教的思想史研究》，作者原想写道教与佛教比较研究，但是没有用论文著作的形式写成，而是随笔类的《门外谈禅》和《佛影道踪》。上述8至10是作者关于这类主题的论文集，三本论文集中有很多重合部分。葛兆光的论文集和随笔，重复很多，下文还会提到。
从著作最终形成的两本代表作可以看出，作者对于禅宗和道教的研究也是注重从思想史领域，而非宗教史、社会史等方面。在作者梳理完中古时期的佛道思想后，便要进一步上下打通，因此，有了第3期的重点。祖堂集注释也可以归入这个主题。
3:1992-2006
葛兆光此期的学术重点是中国思想史的研究，在任教清华期间，作者也着重加强了对晚清民国的学术史梳理。这类著作如下：
此期的代表作是三卷本中国思想史，上述1-4是作者的课堂讲稿。这些讲稿的内容都被中国思想史吸收。除此之外的学术规范、学术书评等部分，则与作者的学术追求与期望相关。前者可以说是作为学者的葛兆光，后者可以说是作为老师的葛兆光。此期是作者学问的深化期，以此这些著作都值得读。但是，中国思想史只写到1895年，此后的思想如何，是作者下一步追寻的问题。6和7是的两本论文集，既有关于此期治学重点的论文，又有为1895年以后思想研究的初步探索。学术薪火是自己在学术史方面的整理。
4:2006-至今
葛兆光去复旦后的学术主题既有对1895年以后学术思想的继续研究，又包括从周边看中国的学术倡导。这类著作有：
这些著作中，1和2是材料梳理，3和4是阅读材料结合自己学术基础的论文和札记，5为初步形成的著作；6和7是讲座整理稿。此期作者的学术已经大成，因此，3-7著作都应该看，但是重复比较多，表述有差异，这也反映了步入老年的衰相。
除了以上著作外，作者还有一些与上述著作并行的读书历程，这类书的内容，包括随笔、札记、书评等等，我统称为读书历程。 按照出版时间，依次排列如下：
这些书的内容多有重复，可以先从后两种开始看。要想在几句话中把葛兆光的学术评价完，是一件困难的事情。不过，我们可以从整体上来鸟瞰，这样可以更容易把握一些。
首先，葛兆光的的学术，在研究主题上是围绕中国历史的重大问题的，其早期的禅宗和道教思想研究，可以看成是接续胡适的。胡适的中国哲学史大纲写到中古就停了，要想打通中国思想史，必须要解决这个问题。其实，禅宗和道教在宋明时代已然有影响，但葛兆光没有顺着继续研究下去。他的这部分见解，写到了中国思想史里面。他对中国思想史的最大贡献不在于结论，而在于范式的反思与探讨。
他在复旦时期，对蒙元时代以后东亚世界到近代的变化，是围绕中国的族群、疆域、文化展开的。但是，按照东亚世界的形成而论，应上溯到唐乃至三国，韩昇在此领域已经做了重要梳理。他对这部分主题的探讨，始终围绕在政治与学术的纠缠中，这部分议题，永远不可能脱离政治和现实，因此重点不是辨别清楚对错，而是把过去的事情梳理清理。他的比较成熟的意见是，从天下到中国和纳四裔入中国是同时完成的。我只能说他看到了问题的复杂性和当代中国的历史延续性，而忽略了近代以前的民族或族群的凝聚力和建国以后的民族识别问题。因而，只是讨论晚清民国时期，这一时期是存亡的关键期，但也不妨说成是重塑期。这一特别的时期，与之前之后的和平期不同，我觉得不具备普遍性。
其次，葛兆光的研究特点是视野开阔，尽力整合前辈以及海外学术界的动态，并尽力促成与之对话。我是同意这一视野的，但不必亦步亦趋，不必跟着国外的议题走。研究中国的事情，还是以中国为中心。外国人研究中国史的首要问题是读懂文言文，读不懂的著作，不必和他们周旋。在葛兆光的书中，对于西方史学和哲学思潮的过分重视并以此来指导他的研究，我是不太喜欢的。葛兆光本人虽然在大学期间受过文献学训练，但是他的经学修养似乎不足。没有经学的思想史，未能抓住命脉。同时，由于过分偏重宏观重大议题，而他本人又不愿意深入梳理史料与考辩细节，只能依托别人的梳理考辩成果，这就使得他的书要么是大篇幅地引证这个引证那个，要么就是非常小二三百页的讲稿。考虑到他的视力问题，可以理解。
第三，葛兆光号召提倡注重吸收前人成果注重写有水平的书评和论文，这都是对的。但不必悲观。不必小看了后人。
第四，葛兆光的行文中，有时特备拖沓，往往一句话能写明白的事情，引这个说，引那个说，我总觉得是没有充分吸收这些成果。各种书之间的重复也比较杂。如果不把他的全部著作排列一遍，不容易抓住重点。
第五，在葛兆光的知识结构中，缺乏经济学、制度学的素养，在讨论近代问题，工业化是绕不开的问题，没有经济学素养根本谈不了。
综合来看，是一个出色的思想史学者。
