谢邀。（第一次谢邀有点小激动。）
先说一下，赫尔墨斯在希腊是受到广泛崇拜的，所以题目前半句不太成立，顶多说赫尔墨斯在奥林波斯众神中地位比较低。
但是，这是显教的情况，在秘仪体系中，赫尔墨斯还是扮演着比较重要的角色的，这是因为赫尔墨斯是一个和生殖与死亡相关的神祇，他不仅是沟通奥林波斯山与人间的信使，也是沟通人间与冥府的亡魂的引路人。
我以前看到过一个说法，认为赫尔墨斯可能是个外来的神，不过这个说法似乎没有得到广泛认同。根据对线形文字B的解读，至迟在迈锡尼文明晚期就已经存在对赫尔墨斯的崇拜。现在比较常见的两派观点中一派认为赫尔墨斯是希腊土著皮拉斯基人的神祇，被迁入的说希腊语的民族纳入到了自己的神话体系中，比如希罗多德就持这种观点，现代也有一些学者认可这一看法；不过据说大多数学者持另一派观点，就是赫尔墨斯本身就是说希腊语的民族本身所固有的一个神祇。
确实赫尔墨斯的神庙是非常少的，在保萨尼亚斯的《希腊道里志》的记载中只提到了四处赫尔墨斯的神庙，而且其中三处是在被认为是赫尔墨斯的发源地的阿卡狄亚。但是赫尔墨斯另有两种崇拜的形式，一个是用作纪念或路标的圆形石堆（这种石堆被称作herma，很可能是Hermes的语源），后来演变为刻有赫尔墨斯头像和男性生殖器的方形石柱，然后又进一步演变成可以放在私宅和圣地门口的方形石雕。在修西底德的《伯罗奔尼撒战争史》中就提到了西西里远征前发生的赫尔墨斯神像破坏案，遭到毁坏的就是雅典人家门口的赫尔墨斯神像。而另一种就是和其他神灵共享祭祀，比如赫尔墨斯经常和阿佛洛狄忒或者赫斯提亚共享神庙。赫尔墨斯和赫斯提亚的组合可能是对“男主外，女主内”这种思想的一种反映。而赫尔墨斯和阿佛洛狄忒的组合就是一件非常有意思的事情了，稍微展开来说一下。
上面提到过赫尔墨斯和生殖崇拜以及冥府有关联，在秘仪中扮演比较重要的地位。关于生殖崇拜，基本上凡是有赫尔墨斯头像的方形石柱上都有男性生殖器，希罗多德甚至称其为“猥琐的形象”，看来他是不太欣赏这种东西的。赫尔墨斯和与性爱相关的阿佛洛狄忒有一个儿子，叫赫尔马弗洛狄忒（Hermaphrodite），他后来成为双性神，hermaphrodite也成为雌雄同体的称呼。话说回来《俄耳甫斯教祷歌》里说赫尔墨斯是狄俄涅索斯和阿佛洛狄忒的儿子，也是很奇怪的一件事，不过确实有说法认为赫尔墨斯的生殖崇拜是受狄俄涅索斯崇拜的影响，这个没有定论，仅供参考。
除去男性生殖器以外，和赫尔墨斯相关的还有一件象征意味很浓的东西，那就是他的双蛇杖，蛇是和女性、大地、黑暗乃至智慧关系密切的存在。赫尔墨斯和死亡与冥府的关系，可能有好几个来源，比如从为人指引方向的路标石堆引申出为亡魂指引方向（据说这些石堆有的同时就是埋葬死者的石冢），从沟通神界与人间引申出沟通人间与冥府。赫尔墨斯指引亡魂这一点在荷马史诗中就有体现，当他肩负这一使命时还有个专用的神名Hermes Chthonios（地底的赫尔墨斯，拥有Chthonios这一别名的还有宙斯、哈迪斯和狄俄涅索斯）。实际上当赫尔墨斯因为生殖崇拜和指引亡魂而和狄俄尼索斯、珀耳塞福涅等神灵扯上关系时，对于他和冥府相关的这一印象只会不断加深。譬如上文提到的西西里远征前发生的赫尔墨斯神像破坏案，就被认为和对尊奉德墨忒尔与狄俄涅索斯等神的厄琉息斯秘仪的亵渎有关。在利姆诺斯和萨莫色雷斯等岛上存在的的众卡比洛斯秘仪也被认为崇拜着赫尔墨斯（这里很有可能是希腊人用自己的神名命名了别人的神），据说当这种秘仪被引进到希腊本土时希罗多德还被接纳为秘仪的参与者。
此外，赫尔墨斯被认为和暗中行使的巫术有关，有人认为这脱胎于赫尔墨斯的偷盗的神职，我认为这可能也和他与秘仪的联系相关，他与死亡和智慧的关联也使得他被认为能够影响人的精神和心理，当突出强调这一部分的赫尔墨斯和埃及的智慧之神透特结合之后，便更加与神秘仪式、巫术乃至智慧等等关系密切，后世的神秘主义者、炼金术士乃至哲学家对赫尔墨斯-透特的崇拜，可能就源自于此。我个人是这样认为的。
好像忘了点什么，黑一波毕达哥拉斯吧，深受俄耳甫斯教影响，曾从巴比伦和埃及还有印度（存疑）引进宗教哲学和神秘学武装俄耳甫斯教乃至于可以说是自创了一个教派的毕达哥拉斯，他自称为赫尔墨斯之子埃塔利德斯的第五任转世，他宣称埃塔利德斯得到了赫尔墨斯的祝福，能够将记忆永久铭刻在自己的灵魂之上，因此他拥有来自前世的知识。《阿尔戈英雄纪》中提到埃塔利德斯时也说“时至今日斯人已去，到了阿克隆河（Acheron）的可怕漩涡中，仍然没有一丝健忘划过他的灵魂，但他在那里受到的苦刑是永远飘泊不定，一时属于地下的幽魂，一时又成为阳光照耀下的活人。”从这一点大概也多少能看出赫尔墨斯和这些秘教，以及这些神秘主义者和哲学家之间的关系。
参考资料:《赫尔墨斯崇拜研究》http://wap.cnki.net/lunwen-1015563792.nh.html
