定位不一样。
国家博物馆的定位，主要是回答“何以中国”的问题，偏重介绍历史。照官网介绍，就是——
而故宫博物院，如它的名字所示，首先是明清两代的皇宫，是中国现存规模最大、保存最完整的古代宫殿建筑群。作为博物馆，则是中国最大的古代艺术类博物馆，偏重展示中国古代的文化艺术遗产，当然故宫的建筑，本身就是最大的遗产了。
这从两者的常设展出也可以看出区别。
国家博物馆虽然也有艺术专题常设展，但主要内容侧重历史方面，又红又专。
故宫博物院则没有历史通史展，基本都是艺术类的专题陈列。
在这里要纠正一个误区。故宫的藏品并不仅仅集中于明清时代。首先明清宫廷本身就收藏了许多前代文物，另外，建国后故宫也征集了不少文物，差不多有一半文物都是建国后入藏的（比如莲鹤方壶），广度上并不差。
从专业角度比较两者的运行状况，正好最近第六次全国博物馆运行评估（2019-2021）的结果出来了。这次国家博物馆比故宫高了1.51分。当然，得分第一的是上海博物馆，第二的是苏州博物馆，我记得上海博物馆经常在评估中名列第一。
不过游客的参观感受，很多时候和专业评估颇有出入。比如排第3的重庆中国三峡博物馆，在我去过的省博里，我觉得都算体验相对比较差的，第5的广东省博物馆，连广东人自己都吐槽（上博和苏博我个人感觉还是挺好的）。
从大家最关注的博物馆藏品来说，故宫在大部分领域都领先于国家博物馆——
文物总数，故宫1917657件，大于国博的1431493件。
珍贵文物，故宫927745件，大约国博的302636件。
一级文物，故宫8000+件，大于国博的6000+件。
禁止出国文物，故宫40件，大于国博的23件。
甚至就连国博比较突出的青铜器，故宫藏品总数都有15万多件，从数量上说，大概还是故宫占优。
但是尽管有那么多文物，只要你看不到，就等于不存在。像国博、故宫这样藏品规模的博物馆，平日展出的文物总数，不会超过藏品总量的5%。
在展出条件上，国博的优势就比较大了。毕竟是建国后专门建立的博物馆，21世纪又经过了大规模扩建。如今的国博，是全世界单体面积最大的博物馆，陈列文物的展厅面积要比故宫大得多。而故宫作为传统木结构建筑，客观上并不是很适合作为博物馆。平日开设的专题馆数量本来就不多，而且总有几个处于关闭状态。所以就算故宫有数不清的宝贝，平时你也很难看到。
为了解决这个问题，最近几年，故宫正在北京西北郊建造现代化的故宫北院，建筑面积超过10万平方米，据说明年就要落成了，先期待一下。
最后说一点我比较关注的，就是网站和数据库。
故宫的网站和在线数据库，在国内属于做的很不错的了。内容丰富，信息更新及时。尤其值得一提的是数据库，可以搜索到馆藏的180多万件文物的信息，其中10万多件都有专门拍摄的高清图片，比平时故宫展出的文物多得多。
国家博物馆的网站呢，看起来就更像一个政府机构网站（之前尝试在知乎上放截图，被荒原了）。该有的信息有，更新也算及时，但不出众。国家博物馆的官网上，可以找到70多万件馆藏文物的名单，但是藏品总目完全没有搜索功能，也无法查看藏品大图。馆藏精品虽然可以检索，但是只有1340件文物，相对国博的馆藏来说，大概连九牛一毛都算不上。
