单细胞测序是生物学中在单个细胞水平解析基因序列、结构及表达的高通量测序技术，能准确定量一个单细胞中基因拷贝数目 ，用于揭示细胞间遗传信息差异，主要应用于肿瘤研究与遗传变异分析 。
该技术核心在于分离并扩增微量单细胞DNA，突破传统测序的技术局限。技术方法包括MALBAC、微流控芯片、多重置换扩增、Strand-seq等 ，推动了国际人类细胞图谱联盟等大规模科研合作 。
发展始于2012年MALBAC技术提出，同年完成首例人类单细胞测序 。2022年浙江大学开发Bulk2Space算法，整合传统测序数据实现单细胞空间分辨率重构 。2025至2026年间，该技术被应用于喉癌模型验证、干细胞检测及蜘蛛纺器起源研究 。2026年出现单细胞DNA甲基化与RNA一胞多组学解决方案 ，同年应用于克隆性造血及化疗相关髓系肿瘤形成机制研究 。
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