从情感角度来讲，自来也厉害。我当初也和题主一样，我挺自来也，我朋友挺大蛇丸，哈哈。
下面从几个方面分析两人的长短:
1.会忍术数量:大蛇丸完胜
2.身体耐艹性:大蛇丸
3.生命长短:大蛇丸（甚至不死，永生）
4.会禁术数量:大蛇丸
5.忍术威力:自来也（自来也的大规模忍术很多）
6.查克拉量:普通形态不好比较，个人感觉大蛇丸略多些；仙人自来也查克拉量完胜，而且持久
7.精神力:自来也
8.抗幻术性:普通状态下自来也略强，仙人模式幻术对他就没用了
9.是否掌握封印术:自来也
10.幻术:仙人自来也
火影从第一部开始，自来也的实力已经定型了，三忍，蛤蟆仙人，只是仙人模式放到了疾风传展示。而大蛇丸就麻烦了，他的实力不停地变化，有手没手，秽土转生是否完善，都会影响他的实力。个人感觉如果是四战中期被复活的大蛇丸的话，有双手，秽土转生非常完善，实力几乎接近死者生前实力，那么仙人自来也几乎一点胜算都没有了，只要蛇叔秽土出初代斑爷，自来也就没法打了，除非他知道秽土转生的印，不过根据自来也对禁术不太熟悉（连天照都不知道），应该不知道印，那么就输定了。
我这里把蛇叔的实力确定在火影开场，也就是和三代打的时候，秽土转生还不是很完善，这样对两人都公平些。
综上，我模拟一下战斗情况:
普通状态下自来也召唤文太和大蛇丸的万蛇对战，自来也用蛤蟆油炎弹，万蛇脱皮逃脱。两个通灵兽打得精疲力尽回去了，自来也和大蛇丸单挑。
大蛇丸秽土转生出初二代火影，自来也不敌，一边积攒仙术查克拉，一边召唤蛤蟆健躲技能。召唤出两位蛤蟆仙人后用四象封印干掉秽土初二代，一个蛙化瞬移大玉螺旋丸砸向蛇叔，蛇叔被打中，然而脱皮后毫发无伤。
两人进入持久消耗战。各种扔忍术。蛇叔查克拉撑不住了，自来也因为两个蛤蟆仙人帮他积累仙术查克拉，状态非常好，乘机对蛇叔用蛤蟆吟唱幻术，然后八卦封印。
自来也胜。
然而大蛇丸并没死，他在等待未来有天一个神秘的少年复活他，但自来也只能这样了。
